Système de gestion et d'analyse d'échange

de visualisationde donnéesde formation

Présentation du produit
Oxford Nanopore propose des logiciels et des outils pour l'analyse des données de séquençage nanopore, combinant les workflows préconfigurés EPI2ME et l'environnement d'exécution MinKNOW. Les solutions prennent en charge l'analyse en temps réel et le déploiement sur ordinateurs portables, postes de travail, clusters, environnements cloud et appareils Oxford Nanopore pour répondre aux besoins des laboratoires de recherche et cliniques.

Workflows d'analyse préconfigurés avec EPI2ME

• Accessible via une application bureau intuitive ou une interface en ligne de commande
• Workflows préconfigurés disponibles pour plusieurs applications de séquençage
• Déployer et exécuter les analyses sur ordinateur portable, cluster, cloud ou appareils ONT
• Obtenir des résultats pendant le séquençage avec des workflows en temps réel
• Créer et partager des workflows personnalisés via l'application EPI2ME

Pour les scientifiques

• Interfaces orientées utilisateur pour l'exploration des données courantes
• Rapports structurés pour une interprétation rapide des résultats
• Nombreux workflows utilisables sans expertise bio-informatique spécialisée
• Conservation de la propriété des données du prélèvement à la conclusion

Pour les bioinformaticiens

• Accès aux basecallers et outils via les dépôts GitHub d'Oxford Nanopore
• Récupération des définitions de workflows EPI2ME sur GitHub ou intégration de code personnalisé
• Support en ligne de commande pour des intégrations avancées et automatisées

MinKNOW

• Logiciel d'exploitation pour les appareils de séquençage Oxford Nanopore
• Gère l'acquisition des données brutes et le basecalling
• Comprend la détection de méthylation intégrée lorsque applicable
• Prend en charge le séquençage ciblé in silico via l'adaptive sampling
• Fournit une API pour connecter des outils en amont et en aval

Jeux de données et solutions compatibles

• Des jeux de données ouverts sont fournis pour soutenir le développement de méthodes et le benchmarking
• Oxford Nanopore collabore avec des partenaires d'analyse tertiaire pour des solutions d'interprétation bout en bout
• Formations en ligne et masterclasses disponibles pour faciliter la prise en main

Spécifications techniques

• EPI2ME : workflows préconfigurés en temps réel ; application bureau et interfaces en ligne de commande
• Déploiement : compatibilité avec ordinateur portable, poste de travail, cluster, cloud et appareils ONT
• Analyse en temps réel : accès aux résultats intermédiaires et finaux pendant le séquençage
• Personnalisation : création, export et partage de workflows personnalisés via EPI2ME
• MinKNOW : acquisition de données, basecalling, détection de méthylation, adaptive sampling, API MinKNOW pour intégrations
• Outils et basecallers : maintenus et accessibles via les dépôts Oxford Nanopore pour les utilisateurs avancés
• Publics cibles : scientifiques de laboratoire (nombreux workflows sans nécessité de bio-informatique) et bioinformaticiens (support en ligne de commande et intégration)