Logiciel pour séquençage MinKNOW

pour séquençage NGSpour la génomiquede gestion de données

Aperçu
MinKNOW est le logiciel de contrôle et d'acquisition pour les appareils Oxford Nanopore. Il gère la connexion et le contrôle des appareils, l'acquisition de données, le basecalling en direct et post-run, l'analyse en temps réel, les vérifications des flow cells et du matériel, la configuration des runs et la génération de rapports. Identifiant du document : MKE_1013_v1_revDN_29Apr2026.

Appareils pris en charge et périmètre

• MinION Mk1B, MinION Mk1D
• MinION Mk1C
• Adaptateur Flongle et Flongle Flow Cells
• GridION
• PromethION 24 / 48
• PromethION 2 Solo (P2 Solo) et PromethION P2i

Fonctionnalités clés

• Contrôle des appareils et gestionnaire de connexion pour accès local ou distant
• Vérifications matérielles via Configuration Test Cell (CTC) et évaluation des pores actifs
• Démarrage, pause, arrêt et surveillance des expériences de séquençage
• Basecalling en direct (Fast / HAC / SUP) et basecalling post-run optionnel
• Barcoding (simple/dual), trimming et assignation des codes-barres
• Alignement pendant le run avec références FASTA/.mmi et intervalles BED optionnels
• Sampling adaptatif (enrichir/éliminer) avec workflows d'équilibrage par barcode
• Sorties de données : FASTQ (gzip), BAM, POD5 avec fractionnement et compression configurables
• Templates de run, import/export de modèles et upload de sample-sheet (CSV) pour multi-flow-cell
• Objectifs de run et règles d'arrêt (temps, bases estimées/basecalled, couverture)
• Rapports exportables et CSV d'activité des pores

Guides de démarrage rapide et sections principales

• Guides spécifiques par appareil (MinION, GridION, PromethION, Flongle)
• Exigences informatiques et installation sur Windows, macOS, Linux
• Procédures de mise à jour et workflow du Connection Manager
• Page d'accueil, vue d'ensemble du séquençage, vérifications hardware et flow cell
• Démarrage et surveillance des runs, pause et récupération d'expériences
• Analyse post-run : basecalling, barcoding, alignement et rapports

Formats de sortie et points clés

• Formats basecallés : FASTQ (gzip optionnel) et BAM (support Crypt4GH)
• Signal brut : POD5 recommandé (support FAST5 hérité déprécié)
• Modèles de basecalling : Fast, HAC (par défaut), SUP (précision maximale)
• Contrôles avancés : nombre de lectures par fichier, fractionnement temporel, fractionnement par barcode et compression

Notes d'installation et ordinateur

• Distribution : zip pour Windows, package pour macOS, dépôt/paquet apt pour Ubuntu
• Stockage recommandé sur SSD ; emplacement de sortie configurable
• Paramètres proxy et réseau avancés configurables via user_conf

Tutoriels, aide et dépannage

• Tutoriels intégrés au premier lancement (réinitialisables)
• Menu d'aide : liens de support, export des logs (TGZ) et guides de dépannage
• Emplacements et procédures d'export des logs selon l'OS

Sécurité et paramètres de l'appareil

• Sécurité : pare-feu par défaut, contrôles d'accès à distance, activation/désactivation SSH
• Recommandation : restreindre l'accès distant sur réseaux non fiables et respecter la politique locale de protection des données

Caractéristiques / spécifications techniques

• Type de produit : logiciel de contrôle et d'acquisition pour séquençage
• Fabricant / marque : Oxford Nanopore Technologies
• Version du document : MKE_1013_v1_revDN_29Apr2026
• Appareils pris en charge : MinION Mk1B/Mk1D/Mk1C, GridION, PromethION 24/48, PromethION 2 Solo, Flongle
• Moteurs de basecalling : Dorado server / Fast, HAC, SUP
• Formats bruts : POD5 (par défaut si activé) ; FAST5 déprécié
• Sorties basecallées : FASTQ (gzip) et BAM
• Sampling adaptatif : enrichir/éliminer avec basecalling sur cible optionnel
• Sample sheet : prise en charge CSV pour expériences multi-flow-cell
• Règles d'arrêt : temps, bases estimées/basecallées, couverture, couverture par barcode, nombre de lectures
• Plateformes d'installation : Windows, macOS, Linux (Ubuntu 20/22/24)