Kit de test pour détection de tumeurs AVENIO CGP V2

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Présentation
Le kit AVENIO Tumor Tissue CGP V2 contient les réactifs nécessaires pour isoler l'ADN à partir de tissus FFPE, préparer des bibliothèques de séquençage et enrichir les régions d'intérêt à l'aide du panneau AVENIO Tumor Tissue CGP Panel V2. Le kit inclut une analyse secondaire basée sur le cloud (FoundationOne® Analysis Platform) et un logiciel de gestion des données (AVENIO Connect). Il utilise un flux de travail ADN par capture hybride pour le profilage génomique complet des tumeurs solides FFPE et permet la détection de plusieurs classes d'altérations génomiques ainsi que de signatures génomiques complexes.

Application
Test NGS interne à usage de recherche (RUO) pour le profilage génomique complet des tumeurs solides à partir d'ADN dérivé de tissus FFPE. Conçu pour fournir des informations génomiques sur les variants nucléotidiques simples (SNV), insertions et délétions (InDel), altérations du nombre de copies (CNA), réarrangements, et signatures complexes telles que la charge mutationnelle tumorale (TMB), l'instabilité des microsatellites (MSI), la perte d'hétérozygotie génomique (gLOH) et la signature de déficience de recombinaison homologue (HRDsig).

Avantages en un coup d'œil

• Tirer parti de l'expertise : Fondé sur la technologie Foundation Medicine et l'expertise Roche pour fournir un profilage génomique complet avec une vaste expérience clinique et de recherche.
• Couverture génomique étendue : Analyse 335 gènes pertinents et plusieurs classes d'altérations, ainsi que des signatures complexes (TMB, MSI, gLOH, HRDsig).
• Flux NGS rapide et pratique : Un seul flux de travail de l'extraction de l'ADN à l'analyse des données ; préparation des bibliothèques en 2 jours, étapes de ligation courtes et délai de traitement jusqu'à ~5 jours de l'extraction de l'ADN aux résultats.

Performances analytiques
Classification - Variants / signatures détectés
Variants courts - 99,7%
Réarrangements - 89,9%
CNA - 99,6%
MSI élevé - 100%
TMB élevé - 100%
gLOH élevé - 100%
HRDsig positif - 91,7%

Informations de commande / variantes du kit

• Numéro de matériel 10240814001 — AVENIO Tumor Tissue CGP Kit A V2 — Plaque A : 24 réactions — EAN : 07613336230862
• Numéro de matériel 10240822001 — AVENIO Tumor Tissue CGP Kit B V2 — Plaque B : 24 réactions — EAN : 07613336230879
• Chaque kit comprend des réactifs pour traiter jusqu'à 24 réactions, réparties en deux à trois runs de séquençage de 8 à 12 bibliothèques sur un Illumina NextSeq 500/550 ou NextSeq 550 Dx en mode RUO.

Avertissement réglementaire
Pour la recherche uniquement. Ne pas utiliser en diagnostic.

Caractéristiques / spécifications techniques

• Panel : Panel de 335 gènes aligné sur la conception du panel FoundationOne® CDx ; mesure SNV, InDel, réarrangements (RE) et CNA ainsi que les signatures MSI, TMB, gLOH et HRDsig.
• Type d'échantillon : Tissu FFPE ou ADN dérivé de tissu FFPE.
• Réactifs : Réactifs conformes REACH, sans xylène ; conditionnement 24 réactions.
• Compatibilité séquençage : Illumina NextSeq 500/550/550Dx (mode RUO) : jusqu'à 12 échantillons par flowcell high-output ; Illumina NovaSeq 6000 (exploratoire) : jusqu'à 24 échantillons en SP ou jusqu'à 48 en S1 ; prise en charge du multiplexage avec des échantillons non-CGP si les codes-barres ne sont pas en conflit.
• Flux de travail : Flux manuel basé sur la capture hybride de l'extraction d'ADN à la préparation et à l'enrichissement des bibliothèques.
• Analyse des données : FoundationOne® Analysis Platform pour l'analyse secondaire et AVENIO Connect pour la gestion des données ; compatibilité optimisée avec navify® Mutation Profiler pour l'analyse tertiaire (optionnelle).
• Délai : Jusqu'à 5 jours entre l'extraction de l'ADN et la génération des résultats (workflow et conditions de séquençage typiques décrits par Roche).
• Remarques analytiques : Les métriques de performance sont dérivées d'une comparaison avec FoundationOne® CDx à ~60 millions de lectures par échantillon (Illumina NextSeq 550) avec des seuils définis pour les signatures ; les utilisateurs doivent définir les seuils de signature appropriés à leur usage de recherche.